Secret Agent es un juego de plataformas de desplazamiento lateral, poniéndonos el objetivo de completar 15 niveles, lo que nos permite acceder a la "fuerza principal", que es el nivel 16. En cada nivel, debemos encontrar y destruir una antena de radar, así como también debemos hallar un paquete de dinamita y colocarla a la salida para abrirla de un soplido.
Cumpliendo el papel del Agente 006, somos la única esperanza del mundo: la organización terrorista conocida como la DVS, que ha capturado los planos de una nueva y poderosa arma conocida como "Rover Red Rock". Nuestra misión será infiltrarnos como agentes secretos en una isla ocupada por la DVS y así recuperar la primera parte de los planos.
A lo largo de nuestro camino como "secret agents" seremos amenazados por secuaces, tanto de humanos como de robots, así como también tendremos que enfrentarnos a diversos peligros, tales como puntas, rayos láser mortales o piscinas llenas de ácido. Nuestra única arma personal será un rifle, que se puede utilizar para matar a la mayor parte de los opositores, aunque algunos sean inmunes a las balas o exijan un tipo de defensa más fuerte que los disparos al vacío, cuando nuestro deber sea concederles la muerte.
Nuestro Agent Secret 006 contará con tres puntos de vida, y la pérdida de todos le causará la muerte (a pesar de que, dentro del juego, tenemos una cantidad de vidas ilimitadas). De todos modos, algunos de los riesgos del juego nos pueden matar al instante. También tendremos que empujar unos barriles pushable que podemos encontrar de vez en cuando: estos van a ser utilizados como trampolines para llegar a un terreno más alto, pero nos debemos asegurar de no caer en alguno de los pozos sin salida.
Tendremos una variedad de objetos disponibles para ser recogidos, tales como municiones, objetos de bonificación que nos darán dan resultados (como bolsas de dinero, carteras, walkie-talkies), y la oportunidad de obtener bonos de altísima puntuación: en cada nivel, si encontramos y recopilamos en un orden específico las tres letras: S, P e Y, obtendremos una gran cantidad de puntos. Lo cual no nos será tan fácil, pero vale la pena intentarlo.